南京大学医学院的前身为中央大学医学院，创建于1935年，1949年解放后改名为南京大学医学院，1987年经教育部（原国家教委）批准重建，成为教育部直属的第一所综合性大学七年制医学院。

   学院以南京鼓楼医院、南京军区南京总医院（金陵医院）和南京口腔医院作为附属医院，并以南京市各专科医院作为教学医院，师资力量雄厚，现有中国工程院院士2人，博士生导师42人，教授124人，副教授179人。教学和科研成果显著，曾获得1996年教育部科技进步三等奖，1997年江苏省教学成果一等奖和国家级教学成果二等奖，1998年教育部科技进步三等奖, 1999年教育部科技进步三等奖, 2000年中国高校科学技术二等奖，2002年度教育部提名国家科学技术奖一等奖和二等奖，2003年度教育部提名国家科学技术奖二等奖，2005年江苏省教学成果一等奖，2008年教育部科技进步一等奖和自然科学二等奖，2009年国家科技进步二等奖、2009年教育部高等学校科学研究自然科学奖一等奖，2009年教育部高等学校科学研究科技进步奖一等奖，2009年教育部高等学校科学研究科技进步奖一等奖。

日前，星空app官方官网-星空(中国)软件工程有限公司在南京大学医学院的数码互动教学系统项目招标中中标。